医用的益生菌制剂在临床上广泛应用于肠道菌群失调所致的腹泻、便秘、腹胀等症状的治疗当中，当发生上述症状，考虑其发生与肠道菌群失调相关时，可考虑口服益生菌制剂进行治疗。如果没有明显上述的症状，不建议女性患者或者男性患者经常服用益生菌等药物进行治疗。
另外，益生菌制剂是临床常用的一类药物，益生菌制剂作用的机制主要是通过直接补充肠道内的正常菌群成员，或者协助建立一种有利于正常肠道菌群成员生长的微环境，从而达到平衡肠道菌群、改善肠道菌群失调的作用，常用的益生菌制剂包括双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌、枯草杆菌以及地衣芽孢杆菌等。