扁桃体溃疡治疗目的主要是改善患者的症状，提高生活质量，减少并发症的发生，扁桃体溃疡的治疗效果与多方面因素有关，如年龄、身体基础状况、是否有并发症等，主要的治疗方法是抗生素治疗。
一、一般治疗
1、卧床休息，多饮水，避免劳累，注意保暖，避免受凉。
2、补充营养丰富的食物，禁食辛辣刺激性食物。
3、注意口腔卫生，可用生理盐水或复方硼砂溶液含漱。
二、药物治疗
1、青霉素类药物：青霉素之所以具有强大的抗菌作用是由于青霉素与细菌细胞壁可以发生作用。黏肽是细菌细胞壁的主要成分，也是细菌细胞壁中最坚硬的一层。它的存在可以维持细菌细胞的外形，保持其细胞壁的通透性。青霉素的结构同黏肽的末端结构丙氨酰丙氨酸相似，其可以取代丙氨酰丙氨酸与酶的活性中心结合，从而使组成黏肽的多肽不能交联形成网状的黏肽，导致细菌细胞壁不能形成，从而使细菌被溶解而死亡。而人类的细胞没有细胞壁，只有细胞膜，所以人类细胞受青霉素的影响很小。如长效青霉素，青霉素G。
2、头孢类抗生素：作用机理同青霉素，也是抑制细菌细胞壁的生成而达到杀菌的目的。属繁殖期杀菌药。对细菌的选择作用强，而对人几乎没有毒性，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较青霉素类少见等优点。所以是一类高效、低毒、临床广泛应用的重要抗生素。如头孢替安、头孢唑啉钠、头孢硫脒、头孢哌酮和头孢呋辛。
三、手术治疗
扁桃体溃疡病情严重情况下，需要行扁桃体切除术。对于严重的动脉性出血可结扎颈外动脉。
四、其他治疗
1、高烧者可以应用物理降温，如额部、腹股沟冷敷、温水擦浴等，或应用解热镇痛药退热，如水杨酸类药物。
2、扁桃体有脓性分泌物时可以应用3%双氧水、1%氧化锌溶液涂抹扁桃体表面。