扁桃体结石不进行治疗，对机体有影响，具体如下：
1、可堵塞扁桃体隐窝，造成扁桃体的反复炎症，可导致咽部的疼痛、发热等。
2、反复的扁桃体炎症，还可引起咽部局部的并发症，如扁桃体周围炎、扁桃体周围脓肿，以及全身并发症，如关节炎、肾炎等。
因此，对于扁桃体结石，通常需积极进行治疗，可以饭后多漱口，减少咽喉部的细菌残留。并发炎症时需使用抗生素治疗，如阿莫西林克拉维酸钾、甲硝唑等，最终还需将扁桃体连同结石一并切除，目前多采用等离子扁桃体切除术。