试管婴儿后代的畸形可能性不低于自然妊娠，试管婴儿技术经过30多年的发展，已经是一项比较安全的治疗不孕症的手段。但即使如此，试管婴儿的后代仍然会出现畸形的可能性，比如2016年美国权威的杂志JAMA杂志，一篇包括460万个新生儿的随访结果，发现试管婴儿后代气管食道瘘、食道闭锁、直肠和结肠闭锁、下肢缩短畸形等非染色体异常的出生缺陷，明显高于自然妊娠。
特别有意思的是，大于35岁女性出生缺陷的风险反而没有提高，考虑原因可能是PGT技术降低了出生缺陷的可能性。因此，试管婴儿技术仍然会有出生缺陷的可能性，需要加强孕期的筛查和B超的监测。