现代医学认为完整、和谐的性生活与性功能，需要有发育完整、正常的内外生殖器官，神经反射系统、内分泌系统以及阴茎的血管系统。慢性前列腺炎对上述的各个系统，基本上没有直接的损害作用，因此不会对性功能有直接的损害，而是通过间接的作用来影响性功能，例如下腹部、会阴部的疼痛不适，阴茎勃起以射精疼痛以及较大的精神心理压力所致。在疾病的早期性欲减退较为常见和明显，并可以作为疾病的首发症状。
此外与疾病长期得不到有效治疗，所造成的沉重心理负担也有关系。患者因久治不愈而心理压力过大，可产生不同程度的焦虑、内疚、恐惧等，往往形成心理性勃起功能障碍。精神心理异常和植物神经功能紊乱等因素所造成的对患者日常生活的影响，可以导致饮食、睡眠、消化等多种功能异常，也对性功能有不利的影响。