脾囊肿按照病因分类，可分为寄生虫性脾囊肿和非寄生虫性脾囊肿。而非寄生虫性脾囊肿包括肿瘤性、先天性和继发性脾囊肿。在先天性囊肿中，根据有无上皮结构可以将其分为真性脾囊肿和假性脾囊肿。
1、真性囊肿：有表皮样囊肿、皮样囊肿、血管和淋巴管囊肿等，它与假性囊肿的区别在于囊内壁被覆扁平、立方或柱状上皮。其中表皮样囊肿多见于青年，常为单发性，最大直径可达31cm，囊内液体多达4000ml，色质浓稠，为淡红色或褐色，可有胆固醇结晶。病理形态可见，囊内壁衬以鳞状上皮，基底膜平整，无表皮钉突，无皮肤附属器。而表皮样囊肿来源不明，可能为胚胎期胃背侧系膜或中肾管的细胞误入脾内发育而成。其病理所见囊壁内衬鳞状上皮及附属器，为皮肤全层结构，可有神经组织及骨组织等，囊内可有白细胞、脂肪小体和胆固醇结晶。
2、假性囊肿：较真性囊肿多见，约占非寄生虫囊肿的80%，囊肿多为单房性，可有外伤史，囊肿可以很大，囊壁无内皮细胞被覆。