IgA肾病根据肾小球、肾小管和肾间质的损害程度，Lee分级为五级。Ⅱ级的病理改变是肾小球呈局灶节段肾小球硬化，硬化的肾小球毛细血管袢呈节段性硬化，系膜基质增多，毛细血管有闭塞情况发生。
有球囊粘连，伴有肾小球系膜细胞的轻度增生，无新月体形成，肾小管和肾间质没有病变。临床症状一般是在感染后出现血尿，有持续性镜下血尿、间断性肉眼血尿、蛋白尿发生率比较高，但定量在3g以内。
可以出现高血压，但可以控制，一般没有恶性高血压发生，一旦出现肾功能损害应该比较轻，肾小球滤过率在正常范围。