如果有低热、盗汗、周身乏力等症状，同时伴有腹痛、腹泻、右下腹疼痛及右下腹包块，高度怀疑肠结核时，可以到医院进一步的检查，完善小肠钡灌肠造影。如果发现明显的跳跃征象，有溃疡、肠管变形、管腔狭窄的现象，高度怀疑是肠结核，进一步可以做结肠镜检查。
肠结核多发生在回盲部，所以通过结肠镜可以发现病变，可以发现肠黏膜的炎症、溃疡，或者是严重息肉、管腔狭窄等情况，可以在镜下取病理，查到结核分枝杆菌即可明确诊断。同时，也可以做PPD试验，如果试验强阳性，也高度怀疑结核。结核T-SPOT阳性，对诊断肠结核也具有一定的意义。