柴胡对肾脏的危害主要通过影响肾脏的血液循环，以及损伤肾小管而出现肾功能损伤。对肾血流的影响是柴胡可以导致肾脏的血管收缩，引起肾脏缺血，从而使肾小球滤过率下降，引起血肌酐、尿素氮的上升，而导致肾功能不全的发生。
对于肾小管的影响，由于柴胡还有粗皂苷以及渗透性比较高等，再加上柴胡有明显的溶血副作用，从而使得肾小管的完整性受到破坏，产生的血红蛋白可以导致肾小管的堵塞，从而引起肾小管的损伤和坏死，引起肾功能的衰竭发生。