肾积水的治疗应该根据梗阻的病因、发病缓急、梗阻严重程度、有无合并症以及肾功能损害等情况综合考虑。肾积水是尿路梗阻所致，梗阻时间长短对肾功能的影响起到了关键性的作用，应尽快解除梗阻。
治疗方法取决于梗阻病因，如为先天性肾盂输尿管狭窄，应行离断成形术，尿路结石应行体外碎石或内镜下碎石取石术。
如病人病情较危重，不容许做较大手术或梗阻暂时不能去除时，可在超声引导下经皮肾穿刺造瘘引流尿液，以利于控制感染和改善肾功能，待病人条件许可后再治疗梗阻的病因。
如梗阻病因不能去除，肾造瘘则作为永久性的治疗措施。