小儿抽动症的病因目前还没有完全明确，一般认为抽动症的病因可能是遗传因素、神经生理、神经生化，以及环境因素多方面作用的结果导致，常见原因如下：
1、遗传因素：有人认为小儿抽动症可能是一种多基因的遗传性疾病，比如家族成员当中存在有多动症，直系亲属发生多动症的几率就会比同龄的小儿明显增高；
2、神经生化因素：比如抽动症的小儿会表现出多巴胺活动过度、受体超敏，或者5-羟色胺的水平降低；
3、其他原因：还有一部分小儿抽动症存在有特殊的非特异性的脑电图异常，少数小儿头CT检查可能存在有脑萎缩，还有一部分可能存在有基底节缩小，或者胼胝体减小。除此以外，还有一部分可能跟链球菌感染，或者是特殊的药物也有一定的关系。