消化道溃疡的治疗原则主要为消除诱因，改善饮食习惯，慎用非甾体抗炎药和糖皮质激素等药物，并采取药物治疗、手术治疗等方式进行治疗。
一、一般治疗
注意生活饮食规律，避免辛辣食物、浓茶、咖啡、饮酒等，避免过度劳累和精神紧张，戒烟，慎用非甾体类抗炎药和糖皮质激素等药物。平时还要注意饮食卫生，保证清洁、卫生的食物。
二、药物治疗
1、奥美拉唑等抑制胃酸分泌的药物：抑酸治疗旨在缓解疼痛症状，促进溃疡愈合，防止并发症，包括质子泵抑制剂和H2受体阻断剂。
2、克拉霉素等根治幽门螺杆菌药物：幽门螺杆菌感染后十二指肠黏膜上皮发生胃腺化生，80％患者合成黏液和碳酸氢盐减少，使黏膜对胃酸和胃蛋白酶的保护屏障削弱，根除幽门螺杆菌后碳酸氢盐合成恢复。幽门螺杆菌阳性患者可以服用抗Hp药物，对克拉霉素过敏的患者禁用。根治幽门螺杆菌一般采用四联疗法，即质子泵抑制剂+两种抗菌药+铋剂的四联14天疗法。
3、硫糖铝等胃黏膜保护剂：有助于溃疡愈合，提高溃疡愈合质量。胃黏膜保护剂种类较多，常用的有铝碳酸镁、硫糖铝、吉法酯和铋剂等。硫糖铝不宜与多酶片合用，否则两者疗效均降低，与西咪替丁合用时，可能使本品疗效降低。
三、手术治疗
外科治疗仅用于并发消化道大出血、溃疡穿孔和瘢痕性幽门梗阻等。
1、胃十二指肠吻合术：适用于胃溃疡患者，适用于幽门管与十二指肠球部有明显瘢痕狭窄、粘连及变形严重的病例。
2、胃空肠吻合术：适用于十二指肠溃疡患者，胃癌引起的幽门梗阻，肿瘤已固定，不能切除者，可作胃空肠吻合术以解除梗阻。 胃溃疡引起幽门梗阻病情重，不能耐受胃部分切除术，又因这类病人胃酸不高，可作胃空肠吻合术。
3、迷走神经切断术：是欧美首选的一种手术方式，十二指肠溃疡并发幽门梗阻，病人情况较差，不能耐受胃大部切除术者，可施行胃迷走神经切断术，以减少胃酸，同时加作胃引流术(如幽门成形术、胃十二指肠吻合术或胃空肠吻合术)，以解除胃内容物的潴留。