婴儿肉毒中毒综合征的治疗应及早使用肉毒毒素抗体血清，可以减轻病症，缩短病程。对无并发症的婴儿肉毒中毒无须抗生素治疗，抗生素用于治疗继发感染。在无抗体治疗的情况下，可选用抑菌剂甲氧苄啶磺胺甲嗯唑，创伤型肉毒中毒需同时使用抗生素和抗毒素。
一、一般治疗
确诊或疑似肉毒中毒时，可用5%碳酸氢钠或1：4000 高锰酸钾溶液洗胃，清除摄入的毒素。对没有肠麻痹者，可应用导泻剂和灌肠排除肠内未吸收的毒素。
二、药物治疗
1、抗毒素治疗 ：精制肉毒抗毒血清可中和体液中的毒素。一般主张早期、足量使用。重症病例，减量或停药均不宜过早。
2、甲氧苄啶-磺胺甲恶唑：甲氧苄啶-磺胺甲恶唑为抑菌剂，继发感染时可使用。
3、乳果糖：对症治疗，可改善婴儿便秘症状，调节肠道生理节律，胃肠道阻塞者禁用。
4、益生菌：如双歧杆菌四联活菌片，可促进肠道正常菌群生长，增加婴儿肠道正常菌群的保护作用，抑制梭菌生长。
三、手术治疗
本病以药物和其他对症治疗为主，无需手术治疗。
四、其他治疗
1、对症治疗：呼吸道有分泌物不能自行排出者，应予以定期吸痰，必要时选择气管切开。一旦发生呼吸衰竭，应尽早使用人工呼吸器辅助呼吸。对较轻的病例可作气管插管，对严重肠梗阻患者应用鼻胃管胃肠减压，有尿潴留者应给予持续导尿。
2、补充液体及营养：有吞咽困难者应予鼻饲饮食或者静脉滴注每天必需的液体、电解质及其他营养。