慢性直肠炎根据直肠黏膜病变不同可分为以下三种：
1、慢性放射性直肠炎：该类直肠炎主要是通过放疗治疗杀灭肿瘤细胞的同时对直肠黏膜造成损伤，使得屏障受损而致使肠道免疫、菌群失衡，从而导致慢性放射性直肠炎。患者常出现排便时伴有直肠出血，且肛门直肠部酸痛或灼痛，伴有里急后重。镜下可见肠壁充血、水肿、呈现赤褐色，甚至引起黏膜坏死、溃疡、纤维化，发生直肠狭窄，甚至诱发肠穿孔。
2、慢性溃疡性直肠炎：慢性溃疡性直肠炎主要累及直肠黏膜和黏膜下层的慢性非特异性炎症。慢性溃疡性直肠炎属于病因不明的炎症性肠病中的一种，国内报道其约占溃疡性结肠炎的35.5％。直肠镜下可见直肠黏膜血管纹理模糊、紊乱、充血、水肿，直肠部可见出血点或糜烂及脓性分泌物附着。
3、慢性结核性直肠炎：肺部结核病灶若继发感染，容易导致结核性直肠炎。该类患者常感到腹部不适，出现腹泻与便秘交替发作、里急后重、粪便呈脓血样。直肠镜下可见边缘不整齐的溃疡，表面有分泌物，分泌物可查出结核杆菌以鉴别。