扁桃体发炎不会影响核酸检测结果。扁桃体发炎临床上分为急性卡他性扁桃体炎和急性化脓性扁桃体炎，急性卡他性扁桃体炎虽然是由病毒感染引起的，但不是新型冠状病毒，新型冠状病毒核酸检测一般为阴性。但它也有病毒感染的症状和表现，所以患者必须进行核酸检测，目的是排除新型冠状病毒感染患者。出现急性化脓性扁桃体炎的同时合并细菌感染，一般化验血常规可以区别(白细胞总数增高)，但是最好也进行核酸检测，以防万一。