慢性结肠炎包括不同的疾病，所以用药也是不同的。如果是肠功能紊乱，如肠易激综合征，治疗主要是解痉和止泻。解痉最常用的是匹维溴铵，可以降低内脏的敏感性，缓解平滑肌的痉挛，起到解痉的作用，并且可以加轻的止泻药，比如蒙脱石散。肠道的微生态制剂，如双歧杆菌、乳酸杆菌等，对治疗也有帮助。
如果慢性结肠炎指的是溃疡性结肠炎，用药又有其独特性。溃疡性结肠炎在急性期有可能需要用糖皮质激素，甚至免疫抑制剂来诱导缓解。急性期过后，需要长期用药来维持治疗，最常见的用的是美沙拉嗪，而且其用药的时间要3-5年，甚至有些患者需要终身服药。