蚕蚀性角膜溃疡的治疗方法很多，但无一种特效措施，多数药物属于姑息疗法，无法阻止溃疡的进行性发展。手术治疗虽可使病情缓解并控制溃疡的进展，但是，术后溃疡病变复发仍是一个值得注意的问题。
一、药物治疗
1、激素类药物：类固醇激素是目前临床上应用较多、较广泛的药物，但存有争议。多数学者认为本病属自身免疫病，所以应用此类药物也越来越广泛。应用方法有局部点眼，结膜下注射或全身用药。有文献报道，早期应用效果较满意。
2、免疫抑制剂：采用免疫抑制剂对某些类固醇无效的病例可取得好的疗效。环孢素A是一种作用强效的免疫抑制剂，对本病治疗效果满意，溃疡愈合后可逐渐停药。对于肝、肾功能损害，脱毛、高血压患者应慎用。
3、胶原酶抑制剂：胶原酶抑制剂具有抑制胶原酶活性的作用，并且可刺激角膜上皮再生和促进组织修复。
4、细胞毒性药物：如环磷酰胺是细胞毒性药物，能同时抑制细胞和体液免疫。
二、手术治疗
1、如果病灶局限于周边部且较为表浅者，可以采取相邻的结膜切除、联合病灶区角巩膜病灶浅层清除术。
2、如果病变已侵犯瞳孔区，或溃疡深有穿破危险者，可行板层角膜移植术。
3、如果角膜已穿破，可行双板层角膜移植术或部分穿透性角膜移植术。术后继续用环孢素A或他克莫司，对于预防角膜病变复发有一定疗效。