1、结肠镜：结肠镜检是诊断大肠黑变病的首选，典型内镜表现即可确诊本病。
2、病理组织检查：对于不典型的病例，病理组织学检查是诊断金标准，在钳取的病变黏膜固有层中找到巨噬细胞，并在其内发现大量色素颗粒，且黑色素染色阳性，铁染色阴性，即可确诊。
3、胶囊内镜：虽然近年来也有报道称在使用胶囊内镜行临床检查时检出大肠黑变病，但胶囊内镜多用于检查小肠病变。