阴茎癌应在病理证实后才开始治疗，以避免病人不必要的痛苦和精神创伤，制订治疗方案须以组织学类型、病理分级、临床分期和病人全身情况为依据。
一、药物治疗
药物疗法多为化学药物治疗，适用于晚期不能手术的病例，以及配合手术和放射治疗。以往常用的抗癌药物有氟尿嘧啶和环磷酰胺等，但效果都不好，目前认为甲氨蝶呤、长春新碱和博来霉素联合应用效果较好，亦有人用顺铂治疗。
二、手术治疗
1、阴茎局部切除术：阴茎癌呈浸润性生长，局部切除复发率高达25%～45%，须慎重选用。仅适用于局限于包皮的癌肿，可单纯施行包皮环切术；位于阴茎头的外生疣块型癌肿，直径0.7cm以内，未浸润阴茎海绵体者；疣状癌位于阴茎头，基底不超过阴茎头半径者。切除范围应距癌肿边缘0.5cm，深部切至阴茎海绵体。切除标本须经全面病理检查，尤其是边缘，若切除不彻底须改行阴茎部分切除术。
2、阴茎部分切除术：治疗阴茎癌原发灶效果肯定，最为常用。适用于位于阴茎头、包皮、冠状沟及阴茎体远端的Ⅰ-Ⅱ期阴茎癌；侵及阴茎体的Ⅲ期阴茎癌，距肿瘤近缘2cm切除后阴茎海绵体残留3cm以上者。若年轻病人，阴茎海绵体残留2.5cm者也可施行阴茎部分切除术，但需切除大部分阴囊，并用阴囊皮肤行阴茎尿道成形术。
3、阴茎全切除术加尿道会阴部造口术：适用于癌肿较大、侵及阴茎体，癌肿近端正常阴茎海绵体不足3cm者；组织学Ⅲ-Ⅳ级的内生浸润型癌肿；阴茎部分切除术后残端复发者；临床Ⅲ-Ⅳ期，阴茎根部浸润不明显者；尿道受累出现排尿不畅、梗阻或并发尿道瘘者。
4、腹股沟淋巴结清扫术：阴茎癌首先经淋巴转移至腹股沟淋巴结，腹股沟淋巴结的正确处理为提高治愈率的一个关键。但应灵活掌握手术的适应证、手术时间和手术范围。
三、放射治疗
阴茎癌放射治疗有保持阴茎完整、病人痛苦小等优点。放射治疗的指征如下：
1、原发性癌肿位于阴茎头部，直径＜2cm，无腹股沟淋巴结转移者。
2、癌肿为外生疣块型，浸润阴茎筋膜浅层。
3、组织学癌细胞分化较低的癌肿对放射治疗敏感。
4、年轻病人，尤其是拒绝手术治疗者。
5、有腹股沟淋巴结转移者，手术前、后放射治疗可提高治愈率。
6、晚期病人可缓解症状，延长寿命。