急性附睾炎大多数时由细菌感染引起来的，最常见引起的细菌是大肠埃希菌，其他还有金黄色葡萄球菌、链球菌等，特别是见于最近接受过器械检查或者留置尿管的患者，以及泌尿系统解剖性或者功能性异常的患者。对于35岁以下的人群，淋球菌和沙眼衣原体也是引起急性附睾炎的重要致病因素。另外，布鲁氏杆菌和某些病毒也可以引起附睾和睾丸的急性感染，感染因子可以通过输精管、血管、淋巴管或者直接通过周围组织的损伤到达附睾和睾丸引起炎症。主要的感染途径是局部的炎症扩散，大多数来源于尿道或者膀胱的感染。血液感染途径比较少见，一般是通过输精管道获得感染，易引起附睾炎，而通过血行感染的细菌可能导致睾丸炎。