先天性巨结肠的鉴别诊断的主要方法是做X射线成像检查，肛门直肠测压和病理检查。 X线成像检查，主要包括X线腹部平片和X线钡剂灌肠，诊断的准确率是比较高的。另外诊断先天性巨结肠的金标准是病理检查或者活组织检查。如果怀疑患了先天性巨结肠，则可以通过X射线成像，或肛门直肠测压法进行初步诊断。为了获得更准确的诊断，需要进行病理检查。