1、膜状蹼或膈形成：是最罕见的一种类型，往往发生在食管中段或下段，膜或膈结构表面均有鳞状上皮覆盖，症状典型发作的时候恰在进食偏重于进固体食物时。
2、纤维肌性肥厚：是先天性食管狭窄中最常见的一种，组织学表现是黏膜下平滑肌纤维和纤维结缔组织增生且有正常鳞状上皮覆盖，类似于幽门肥厚性狭窄，具体的原因不清楚。
3、食管壁有气管、支气管组织的残存：很罕见的一种类型，这种类型的气管和支气管残存物可能是胚胎前肠头畸形褶嵴的一部分。