儿童肾病综合征的治疗原则主要包括明确疾病类型，通过一般支持治疗、药物治疗和营养治疗缓解病情，一般治疗周期是6~9个月。
一、一般治疗
1、休息：除水肿症状显著、并发感染、伴发严重高血压的患儿外，一般不需卧床休息，病情缓解后可逐渐增加活动量。
2、防治感染：加强身体锻炼，增强机体免疫力，预防链球菌等各种感染。
3、利尿：对糖皮质激素耐药或未使用糖皮质激素而水肿较重伴尿少者可配合使用利尿剂，但需密切观察出入水量、体重变化及电解质紊乱。
二、药物治疗
1、糖皮质激素：初治病例诊断确定后应尽早选用泼尼松治疗，复发者需调整糖皮质激素的剂量和疗程。对泼尼松疗效较差的病例，可换用其他糖皮质激素制剂，如曲安西龙等。
2、免疫抑制剂：主要用于肾病综合征频繁复发，糖皮质激素依赖、耐药或出现严重副作用者。在小剂量糖皮质激素隔日使用的同时可选用下列免疫抑制剂，如环磷酰胺、苯丁酸氮芥、环孢素、硫唑嘌呤、麦考酚吗乙酯等。
3、抗凝及纤溶药物疗法：由于肾病往往存在高凝状态和纤溶障碍，易并发血栓形成，需加用抗凝和溶栓治疗，如肝素、尿激酶、双嘧达莫。
4、免疫调节剂：一般作为糖皮质激素的辅助治疗，适用于常伴感染、频繁复发或糖皮质激素依赖者，或者患者使用糖皮质激素8周治疗无效者，常用的药物如左旋咪唑。
5、血管紧张素转换酶抑制剂(ACEI)：对改善肾小球局部血流动力学、减少尿蛋白、延缓肾小球硬化有良好的作用，尤其适用于伴有高血压的肾病综合征，常用制剂有卡托普利、依那普利、福辛普利等。
三、手术治疗
该病一般无需手术治疗。
四、中医治疗
治疗儿童肾病综合征，尤其是初发病例，未用激素者，常用玉米须、车前车、金钱草、篇蓄煎服；舌胖嫩者，常用生黄芪、桂(后下)、车前子、仙灵脾等，益气温肾利水；伴有呼吸道感染、急性扁桃体炎等，见舌质红、苔薄黄、脉滑数者，宜于利水药中加板蓝根、野荞麦根、银花、连翘、野菊花等清热解毒药；反复外感者，可加玉屏风散以固卫表；应用足量激素患者，同时给予生地、知母等滋阴降火药，当激素减至半量时改用黄芪、党参、补骨脂、仙灵睥、菟丝子、五味子等益气温肾药。实践证明，此法可减轻外源性皮质激素对肾上腺皮质功能的反馈抑制作用。部分病例在撤减激素过程中，如出现面色苍白、神萎、纳呆、泛恶、脉微弱等症时，可予鹿角粉，以代替鹿茸壮阳。