慢性结肠炎根据不同的原因，预后是不同的。溃疡性结肠炎是属于慢性结肠炎的一种，是一种慢性非特异性炎症的肠病，可以表现为反复地腹泻，伴黏液脓血便，这种疾病是很难治愈的。往往分为急性期跟缓解期，在急性期的时候，可以出现腹痛、腹泻、黏液血便。在缓解期有可能大便是完全正常的，但是如果这时候停用药物，有可能会导致疾病的再次发生，所以能溃疡性结肠炎可能需要长期的，甚至终身地服用药物。
对于其他的一些慢性结肠炎，比如说感染引起来的，如细菌感染或者阿米巴引起的慢性炎症。针对病因抗感染治疗，比如说用甲硝唑治疗阿米巴，把这种病毒病原体消除了，结肠炎就能消除。所以慢性结肠炎还要根据病因的不同，来决定其预后。