1、直接涂片镜检：取食物中毒的剩余食物、患者呕吐物、粪便等标本，分别进行涂片、革兰染色后镜检，根据细菌形态、排列和染色特性初步做出诊断。
2、分离培养和鉴定：将可疑食物、呕吐物、粪便等分泌物标本接种到血琼脂平板，37℃孵育18~24小时后挑选可疑菌落行涂片染色镜检。
3、葡萄球菌肠毒素检查及分子生物学检查：取食物中毒患者的呕吐物、粪便或剩余食物做细菌分离培养和鉴定。ELISA法可检测微量肠毒素，快速且敏感。也可用特异性的核酸杂交和PCR技术检测葡萄球菌是否为产肠毒素的菌株。
4、其他辅助检查：若有条件可选择现将食物或呕吐物接种在肉汤培养基中，经过一段时间孵育后取滤液注射入动物腹腔中，观察4小时后是否发生食物中毒表现，若发生此症状则高度说明存在肠毒素。