慢性直肠炎主要与感染和自身免疫相关，主要感染致病因素为细菌、霉菌、病毒、真菌、寄生虫等。少部分患者为自身免疫性直肠炎。如确诊为细菌感染，应服用抗生素治疗，常用左氧氟沙星及头孢类。霉菌感染可口服氟康唑治疗，真菌感染可采取伊曲康唑口服治疗，寄生虫一般对症用药，主要以栓剂为主，自身免疫性直肠炎可口服益生菌结合黄连素治疗。