由于胃食管反流病存在有酸反流和碱反流，所以目前在治疗过程中包括三大类型的药物，抑制胃酸的药物，例如奥美拉唑、艾司奥美拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑等。
由于它有胆汁反流，所以会用吸附胆汁的药物，例如达喜片、铝镁二甲硅油咀嚼片等。由于存在胃肠动力障碍，所以会加用胃肠动力的药物，例如伊托必利、莫沙必利等，另外在药物治疗的同时，胃食管反流病一定要注意饮食的控制，禁食过酸、过甜、过于刺激性的食物。