处女膜闭锁需要与阴道闭锁、完全性横隔、先天性宫颈闭锁等疾病相鉴别。
1、阴道闭锁：为泌尿生殖窦未参与形成阴道下段所致。闭锁位于阴道下段，其上多为正常阴道，症状与处女膜闭锁相似，检查时也无阴道开口，但闭锁处黏膜表面色泽正常。
2、完全性横隔：两者均有原发性闭经伴周期性腹痛，并呈进行性加剧。可通过超声及MRI检查相鉴别。
3、先天性宫颈闭锁：青春期后可因宫腔积血而出现周期性腹痛，经血还可经输卵管逆流入腹腔，引起盆腔子宫内膜异位症，处女膜有孔，阴道内无积血。