肛瘘如果不进行治疗，可能会有以下几个危害。首先，肛瘘因为不治疗会反复发作，简单的肛瘘可能演变为复杂的肛瘘，低位肛瘘演变为高位肛瘘，使后续治疗更困难。其次，肛瘘不治疗会反复感染再发肛周脓肿，严重感染会累及肛门周围会阴引起急性坏死性筋膜炎，从而对会阴部造成不良后果。最后，反复的炎症刺激可能会导致肛瘘癌变，最终需要切除肛门。