鼠疫首选的治疗药物是链霉素，不同的鼠疫类型，用药的剂量有所不同。鼠疫和败血症型鼠疫，剂量要高于腺鼠疫，疗程一般均为10-20天。皮肤鼠疫局部可以滴注链霉素、敷磺胺软膏。
鼠疫也可以选用氨基糖苷类、喹诺酮类、第三代头孢菌素、四环素等药物，也都具有良好的疗效。喹诺酮类可以选择左氧氟沙星、环丙沙星，以及第三代头孢菌素，如头孢曲松、头孢哌酮，氨基糖苷类可选择硫酸依替米星、奈替米星等。