肾囊肿和肾积水如何进行治疗取决于肾囊肿的大小和肾积水的严重程度，对于小的肾囊肿、轻度肾积水，可以不采用特殊的治疗方法，以动态观察为主，半年到一年复查一次，观察囊肿的大小及积水的情况。
对于较大的肾囊肿，如果超过4cm以上，需要进行介入治疗，使肾囊肿尽快消失或者缓解。重度肾积水，如果出现明显的压迫症状，尤其产生了肾功能受损，需要进行肾盂造瘘或者留置导尿，使积水减除，肾功能损伤得以好转。