新生儿腰穿的作用主要是用来抽取脑脊液，那么对脑脊液进行相关的化验分析，比如测量脑脊液的压力，观察脑脊液的外观，脑脊液的生化，蛋白，糖和氯化物从而用于判断颅内感染的性质，是化脓性感染，病毒性感染，真菌性感染或者一些其他感染，再比如是颅内出血的孩子，间断腰穿以抽取血性脑脊液。部分颅内感染的孩子，比如说化脓性脑膜炎，可能需要多次做腰穿，用于诊断或者判断疗效以及预后。