磷霉素氨丁三醇散应在胃排空后口服，最好在睡前排尿以后服用。一般每包磷霉素氨丁三醇散中加入适量水，溶解后立即服用。磷霉素氨丁三醇散通常采用单剂量疗法，即每个疗程一包，用药后症状通常会在治疗后2-3天消失。
对于预防外科手术中的尿路感染和经尿路诊断手法引起的感染，治疗通常用两倍的剂量，初始剂量在术前三小时口服，第二个剂量在术后24小时内口服。