自身免疫性肝炎的诊断标准目前主要通过诊断积分系统进行，诊断积分系统内的项目主要包含血液里部分自身免疫性抗体的检测结果，以及肝脏进行穿刺的组织病理学结果进行综合评分。如果综合评分超过了一定数值，有可能是自身免疫性肝炎的诊断，包括血清学检查里面的抗核抗体或抗平滑肌抗体数值、血清免疫球蛋白IgG数值，还有就是抗可溶性肝抗原抗体、抗肝肾微粒体抗体、抗Ⅰ型肝细胞溶质抗原抗体等。
此外，包括血清免疫球蛋白IgG升高的数值，升高程度所积的评分也不太一样。而根据肝组织学病理的表现，如果肝组织病理学符合自身免疫性肝炎，也有加分项目。若肝组织学表现为界面性肝炎，或者有一些特异性自身免疫性肝炎的表现，最终要进行排除，包括乙肝、丙肝等引起肝炎的可能性。综合上述因素进行评分，并进一步确定是否有自身免疫性肝炎的可能性。