1、生化代谢物检测：测定血尿常规、肝肾功能、心肌酶谱、血糖、血氨、电解质、钙、磷、酮体、乳酸/丙酮酸、尿酸、血气分析等，有助于对某些遗传代谢病作出提示或者缩小诊断范围。有些测定物，例如铜蓝蛋白、血磷的降低、17-羟孕酮的升高等对诊断的意义较大。
2、酶活性检测：酶活性检查通过测定基因表达后翻译合成的酶蛋白活性，进行特异性的遗传代谢病的确诊。
3、分子检测：在遗传和环境因素的共同作用下，体内生化代谢时刻在变化中，生化标志物的浓度会有波动，检测会出现一定的假阳性率和假阴性率。
4、染色体基因组芯片：染色体基因组芯片技术是近年遗传学检测的重大进展它可以通过一次实验对某一样本的整个基因组进行检查。
5、影像学：通过对骨骼如长骨脊柱等部位X线片可协助黏多糖贮积症以及其他骨代谢疾病的诊断，头颅CT、MRI或MRS的特征性变化有助于肾上腺脑白质营养不良、异染性脑白质营养不良某些线粒体遗传病的诊断。脑额叶或颞叶萎缩、胼胝体发育不全、广泛性大脑萎缩等也是遗传代谢病常见的神经影像学改变。
6、细胞形态学检查：肝脏、骨髓以及肌肉等组织活检可对部分遗传代谢病的诊断提供有价值的信息。例如Gaucher病患儿的骨髓、肝、脾穿刺液中可能检测到 Gaucher细胞；而 Niemann--pick患儿的骨髓涂片中可以找到典型的泡沫细胞等。不过，随着溶酶体病酶学测定方法的普及酶学诊断、基因诊断比细胞形态学诊断特异性更强。
7、体格检查：头面部注意头围，有无小头畸形，小下颌畸形，耳的大小，耳位高低眼距眼裂鼻翼发育，有无唇裂、腭裂和高腭弓，毛发稀疏和颜色异常。注意上部量与下部量比例，指距，手指长度，乳头距离，注意脊柱、胸廓异常，注意关节活动是否正常，注意皮肤和毛发色素，手纹，外生殖器等注意黄疸肝脾大和神经系统症状。嗅到一些不正常的汗味或尿味等，提示某些遗传代谢病的可能主要见于氨基酸代谢病。