先天性后尿道瘘致病的主要原因目前尚不明确，大部分研究证明与先天性畸形有关，先天性的尿道发育畸形可导致患者发病，好发人群以新生儿为主，诱发因素为尿生殖皱襞未闭。
一、主要病因
先天性的发育畸形：先天性的发育畸形是先天性后尿道瘘发病的主要原因，本病的患儿一般表现为出生即患病，无明确的孕妇孕期感染等相关指标因素。
二、诱发因素
尿生殖皱襞未闭是诱发本病的重要因素，尿生殖皱襞未闭可导致尿路畸形，更容易发生尿道瘘，最终导致尿道与直肠的互通，从而发病。