藏毛囊肿的病因尚未明确，临床上一般认为其可能与先天因素和后天因素有关，具体如下：
1、先天因素：如髓管残留或骶尾缝发育畸形导致皮肤先天性缺损，表皮向内折叠而形成含有毛囊的包涵物。
2、后天因素：外伤、久坐、臀间隙拉伸、骑自行车等，外伤导致外部毛发刺入皮肤，久坐导致骶尾部易受到刺激，都会增加藏毛囊肿的发生。