骶尾部藏毛窦有多种治疗方法，取决于临床表现的特点和疾病的程度。急性感染治疗原则为切开引流，由于发病率大多与手术操作有关，对于从未发生急性感染的藏毛窦患者，通常不采用手术切除。
一、一般治疗
1、清除臀沟及周边的毛发，采用剃毛或者激光脱毛的方法来进行处理。
2、利用生理盐水或者双氧水清洗患部。
二、药物治疗
使用抗生素，如一代头孢菌素加甲硝唑，其作用通常限于蜂窝织炎的临床治疗。对于没有脓肿的蜂窝组织炎和手术引流后有明显蜂窝织炎的患者，应保留抗生素的使用，局部可用聚维酮碘溶液消毒。
三、手术治疗
1、切开引流术：急性藏毛脓肿出现时应及时切开引流，不能指望抗生素能成功治疗明显的藏毛脓肿。手术引流通常在波动最明显处切开，应清除脓腔内的所有炎性碎屑和可见毛发。与单纯引流相比，脓腔的去顶和搔刮具有更好的治愈率和更少的复发率。伤口用纱布填塞，在急性期伤口需二期愈合。
2、窦道切除切口敞开术：对于多个窦口伴轻度感染的患者、伤口过大不能缝合或者手术后复发的患者，多采用窦道切除切口敞开术，此种方法的愈合期疆场，瘢痕容易破裂。
3、窦道切除一期缝合术：该方法适用于骶尾部中线上小型无感染的窦道。切除全部窦道，将所有病变组织切除。
4、窦道切除部分缝合术：适用于窦道口及窦道较高的患者，该手术的效果与窦道切除一期缝合术相同，但愈合的时间也会更长。
5、袋形缝合术：适用于单个窦道、窦道壁似纤维组织患者，形成袋形化。
6、Limberg皮瓣转移术：这种术式可降低疾病的复发率。
7、慢性期手术治疗：慢性藏毛疾病的手术治疗主要是切除所有的窦道和皮肤小孔，应尽可能保留正常组织，以促进伤口愈合。切除组织过多，会导致并发症的增多和复发率的升高。