骨髓水肿的治疗，主要针对导致骨髓水肿产生的原因进行治疗，常见的可能导致骨髓水肿的疾病，包括急性以及慢性的化脓性骨髓炎，以及骨骼创伤所导致的骨髓水肿。对于急性化脓性骨髓炎，其治疗主要分为全身支持疗法、抗生素治疗，以及手术治疗、肢体的制动等。所谓的抗生素治疗，主要是根据细菌培养以及药敏试验的结果，进行抗感染治疗。提高全身的免疫力，通过饮食或者输新鲜的血液、白蛋白来提高免疫力。另外如果保守治疗无效，可能要进行局部的手术治疗，也就是进行骨骼的开窗病灶清除手术。慢性骨髓炎的治疗与急性骨髓炎的治疗类似，症状严重时也需要进行手术治疗。骨骼的外伤也会导致骨髓水肿，其治疗主要是以休息、理疗、按摩、支具固定等为主。