甲型流感和乙型流感的区别包括以下两个方面，病毒的变异和流行情况不同，甲型流感每隔10-15年就会发生一次抗原性转变，这种抗原性转变是质的变化，可以产生新的亚型。人类对于新的亚型缺乏免疫力，可以造成世界性的大流行。乙型流感不存在抗原的转变，不会引起世界性的大流行。
两种病毒都存在抗原的漂移，但是甲型流感病毒在内部发生的抗原漂移，2-3年就可以发生一次，也可以造成一定规模的流行。乙型流感这种抗原的漂移新旧病毒，应该还有抗原联系，不能够划分亚型，所以只能造成局部的流行，大约5-6年发生一次。临床表现不同，甲型流感临床表现比较重，有高热、全身的感染中毒症状，而且部分病人可以出现重型的流感，引起肺炎的比较多。乙型流感病情相对比较轻，全身的感染中毒症状没有那么严重，引起肺炎的相对比较少，所以病程相对来说也比甲型流感病程短。