生殖细胞瘤根据肿瘤出现的位置不同，患者出现的症状不尽相同。生殖细胞瘤发于骶尾部或盆腔可出现大小便习性改变；发生于颅内可出现尿崩症、生长发育延迟等；发于腹膜或卵巢可出现腹痛，有时也可扪及肿块；发于纵隔可出现上腔静脉压迫综合征、呼吸困难诸症。
1、颅内生殖细胞瘤：
（1）松果体区肿瘤压迫中脑顶盖，出现Parinaud综合征，即眼球上视不能，但不伴眼会聚功能障碍；导水管受压引起梗阻性脑积水、颅内压增高、锥体束征阳性和共济失调。青春期性早熟也较常见。
（2）肿瘤位于基底节丘脑，病人可出现偏瘫、偏身感觉障碍等症状。
（3）肿瘤压迫中脑顶盖可引起眼球上视不能，肿瘤位于鞍上出现视力视野障碍、尿崩和垂体腺功能减退，导水管受压或阻塞侧脑室Monro孔可引起梗阻性脑积水、颅内压增高和共济失调。
（4）肿瘤位于基底节区，病人出现偏瘫、偏身感觉障碍等症状。
2、骶尾部或盆腔生殖细胞瘤：主要为肿瘤压迫症状，压迫尿路或直肠时，患者大小便习惯及性状发生改变，压迫正常骨骼可致骶尾部骨骼发育异常和畸形。
3、腹膜及卵巢部位生殖细胞瘤：早期无明显症状，后期患者腹围增大，并可触及肿块，伴有腹痛表现，引起卵巢蒂扭转时可发生急性腹痛。
4、纵隔生殖细胞瘤：纵隔区生殖细胞瘤可对纵膈部位的重要气管和血管发生压迫，症状较重，常引起上腔静脉压迫和气管压迫，出现血液回流障碍和呼吸困难等表现。