食管异位组织是一种先天性的疾病，主要的治疗方式是手术治疗，但是具体的手术方式以及手术路径，要根据个人情况决定。临床有梗阻症状可能导致患者的营养不良和发育障碍，宜早行食管重建术，即狭窄段切除食管胃吻合术或类似Heller术式网膜覆盖肌层缺损处等方法。
一、药物治疗
如果患者出现相关营养不良和发育障碍，可以进行相关应用剂进行对症治疗。
整蛋白型肠内营养剂(粉剂)、肠内营养混悬液(TPF)：本品适用于有胃肠道功能或部分胃肠道功能，而不能或不愿进食足够数量的常规食物，以满足机体营养需求的应进行肠内营养治疗的病人。
二、手术治疗
1、食管扩张术：主要是通过在食管狭窄处安放支架或球囊，撑开食管，以此缓解吞咽困难、食管狭窄，这种方式能取得一定的效果。
2、软骨切除食管胃吻合术加胃底折叠术：适用于下段食管病变，该手术的目的是将带有气管的部分异常食管段切除，再将食管与胃吻合。手术可以明显缓解患者的吞咽困难症状，进食情况明显好转并且可防止胃食管反流。
3、软骨切除食管端端吻合术加胃底折叠术：主要是将带有气管的部分异常食管段切除，再将食管和食管进行吻合手术。可以明显缓解患者的吞咽困难症状，并且可防止胃食管反流。进食情况明显好转，生活质量大大提升。