真菌性鼻窦炎的治疗主要以手术治疗为主，治疗时需彻底清除窦内真菌球、黏蛋白、真菌碎片，以及不可逆的病变组织，建立鼻腔宽敞永久性引流，保留鼻腔鼻窦正常的黏膜和骨壁。侵袭性鼻窦炎应行鼻窦清创术，广泛、彻底清除鼻腔和鼻窦内病变组织，并根据病变范围广泛切除受累的鼻窦黏膜和骨壁。
真菌性鼻窦炎是由真菌感染引起的鼻及鼻窦的疾病，临床根据是否有真菌侵袭鼻窦黏膜以及骨质、患者对真菌的免疫功能状态，真菌鼻窦炎分为侵袭性和非侵袭性两大类。