由于小儿结核病是病因和发病机制明确的一组疾病，临床中遵循早期和长期、积极而理性以及治疗措施个体化原则，把抗结核治疗、支持性治疗和对症治疗相结合进行系统性治疗，对患者及家属进行健康教育。
一、一般治疗
在全身疗法的基础上，充分调动小儿身体抗病的能力，使特效的抗结核药物更好地发挥抗菌作用，首先应注意合理的营养和休息，选用富含蛋白质和维生素的食物，其中以维生素A及维生素C尤为重要。患儿应居住在空气流通、阳光充足的室内，严重的结核病型有发热等中毒症状，高度衰弱者应卧床休息，病情较轻者可根据具体情况进行适当的室内、室外活动。
二、药物治疗
小儿抗结核药物的原则是早期治疗、适宜剂量、联合用药、规律用药、坚持全程、分段治疗。目前常用的抗结核药物可分为杀菌药物及抑菌药物。杀菌药物包括全杀菌药物如异烟肼、利福平；半杀菌药物如链霉素及吡嗪酰胺，抑菌药物包括乙胺丁醇和乙硫异烟胺。
三、手术治疗
外科疗法主要用于肺段肺叶切除或一侧肺切除，有时可行胸腔内淋巴结摘除术和胸膜剥脱术。该法适用于空洞型肺结核经化学治疗空洞不闭者，干酪性病灶或结核瘤经内科治疗缺乏疗效者，肺组织纤维硬变或钙化灶有反复咯血者；肿大淋巴结引起肺不张后发展为支气管扩张者。肺门淋巴结肿大发生广泛的干酪性变化或液化，经化学治疗无效或伴有持久性支气管狭窄及肺不张者，可行胸腔内淋巴结摘除术。