恋童癖可由多种原因导致，如先天性因素，即患者先天性大脑中脑白质异于常人。也有部分患者因心理因素、社会因素、家庭因素或性格缺陷等原因导致。
一、主要病因
1、先天性因素：部分恋童癖患者大脑白质异于常人。主要因素包括遗传、免疫、神经递质等，患者额叶和颞叶的损伤或许和冲动机制受损有关。
2、心理因素：恋童癖患者对儿童关注、留恋儿童时代等心理超常人限度，作为一种观念固定在脑海中并控制他人。
3、社会因素：恋童癖患者在社会生活中因工作、交际受到挫折而觉得人心叵测，与成年人打交道需费尽心机，因而疲惫，不愿与成年人交往，于是把目标转为天真单纯的儿童。也有患者因青春期时受到家长或师生打压，而对童年时光充满向往，从而产生恋童行为，逐渐演化为恋童癖。
4、家庭因素：恋童癖患者因家庭生活出现矛盾而对成年性生活失去兴趣，逐渐把目标转而儿童。
5、性格缺陷：由于性格原因，在遭遇重大精神刺激后，不能面对生活而对童年充满向往，导致恋童癖。
二、诱发因素
1、家庭矛盾：家庭不和睦常致患者对成年性生活失去兴趣，从而把目标转移到儿童身上。
2、社会刺激：患者常因性格原因或其他原因受到某些重大刺激而产生恋童行为。
3、压力：社会、生活及家庭等压力使患者觉得成年人难以相处，而儿童较为单纯、易相处，因而留恋儿童，对儿童表现出过分关注。