由于亚急性甲状腺炎属于自限性疾病，可以给予对症治疗。如果患者发烧可以给予退烧药，疼痛厉害时可以给予非甾体类止疼药，重症患者可以用些肾上腺皮质激素。绝大多数患者都可以恢复至正常，只有3%的患者有可能发生甲减，这时需要用左甲状腺激素替代治疗。
亚急性甲状腺炎是病毒感染，导致的甲状腺非细菌性感染性疾病，由于是病毒感染，疾病呈自限性，整个病程2-3个月。患者一开始出现上呼吸道感染的症状，轻到中度发烧，然后出现颈部疼痛，从一侧转向另一侧，然后出现一过性甲亢、一过性甲减以及痊愈期。