食管克罗恩病病因不明且有一定的遗传倾向，所以目前没有有效的预防措施。有家族性发病史的人群应注意是否出现相应的症状，定期进行胃镜、肠镜检查，有利于及早发现本病。积极预防感染、戒烟对病情的加重与进展也有一定作用。
（1）患有胃肠克罗恩病的患者，应定期筛查胃镜，及早发现食管异常。
（2）有克罗恩病家族史的情况，每５年建议行胃镜检查，及早发现本病。
（3）戒烟，吸烟是本病加重的危险因素。
（4）注意饮食卫生，本病的发生与感染有一定的关系，日常应预防消化系统的感染，注意饮食卫生，饭前、便后勤洗手。
（5）早期断奶、儿童期肠道感染和抗生素的使用、西化的饮食习惯与本病的发生也有一定关系，对于这些方面也应避免。