尿道与阴茎结核主要是进行药物治疗，关键在于早期发现早期治疗，患者须进行正规、有效、全程、足量、足疗程的联合用药，不可以擅自停药。症状较重者需要进行手术治疗。
一、药物治疗
尿道与阴茎结核需要抗结核治疗，一线抗结核药包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素等；二线抗结核药包括对氨基水杨酸、乙硫异烟胺、卷曲霉素、利福定等。
二、手术治疗
1、尿道结核：
（1）尿道结核引起的尿道狭窄，先采用药物治疗，待结核治愈后再行尿道扩张。
（2）尿道结核引起梗阻不能进行尿道扩张或扩张效果不好者，可行膀胱造瘘。
（3）尿道狭窄局限者可将狭窄瘢痕切除，对端吻合或尿道镜窥视下行尿道内切开术。狭窄较长时可采用阴囊皮瓣法进行修补。
（4）如果膀胱病变严重、膀胱挛缩、对侧肾积水，应先做肾造口引流，待尿道结核治愈后进行治疗。治疗困难者需作尿流改道术，应注意有尿道梗阻的膀胱容易积脓，需手术切除。
2、阴茎结核：阴茎结核主要使用抗结核药物治疗，溃疡局部用链霉素溶液，必要时可行病灶清除术或阴茎部分切除术。
三、其他治疗
如出现肾功能衰竭，可按慢性肾功能衰竭常规治疗，主要是透析疗法或肾移植。