儿童的矮小症分类比较复杂，有的可以根据外观匀称和不匀称来分类，也可以根据生长激素缺乏和不缺乏来分类。
常见的矮小原因有宫内发育迟缓，包括双胎，还有儿童生长激素缺乏性矮小、甲状腺功能低下性矮小、皮质醇增多症、家族性矮小、特发性矮小，也就是生长激素不缺乏性矮小，但由于生长激素的生物活性不足也会造成矮小。
青春发育延迟矮小、遗传代谢疾病、维生素D缺乏矮小、骨骼发育导致矮小，比如软骨发育不良性矮小，还有心因性矮小，比如心理出现障碍而影响生长发育等，比较复杂。
还有特殊类型的遗传代谢性疾病，其非常专业，不再赘述。