目前临床检查所使用的胃镜对人体伤害较小，只是在检查过程中，由于胃镜插入的刺激容易引起恶心、呕吐，或者特殊情况颞下颌关节脱臼等，一般情况不要紧的。如果是通过胃镜进行微创手术，有可能会出现出血、穿孔等情况，会对身体健康造成一定的伤害。
胃镜是通过一条细软的导光纤维管进入胃中，观察胃部的病变，还可以局部取样进行细胞学检查。现在的胃镜操作技术越来越娴熟，胃镜的发展相比过去而言变得越细越软，视野也比较宽广，所以胃镜操作还是相对比较安全的。